از لحاظ جغرافیایی گمرک فرودگاه بین المللی امام خمینی در جاده تهران قم و در سی کیلومتری جنوب تهران قرار دارد. زمانی که شرکت های بازرگانی کالاهای وارداتی و صادراتی را از طریق خطوط هوایی انجام می دهند بایستی از گمرک فرودگاه امام خمینی در تهران این کار را انجام دهند و کارهای گمرکی برای ترخیص کالا در گمرک فرودگاه انجام می پذیرد. قابل توجه است که کالاهای وارد شده از طریق خطوط هوایی شرایط خاصی دارند. مثلا کالاها دارای حجم و وزن بزرگی نیستند. گمرک فرودگاه امام خمینی به تهران و اتوبان های ترانزیتی بسیار نزدیک می باشد و شبانه روزی به فعالیت می پردازد و اموراتی مانند واردات موقت ، واردات قطعی ، خروج موقت ، صادرات قطعی ، فریت ، ترانزیت و پست سریع در آن انجام می پذیرد.